Pada babak 32 besar berlangsung tanggal 11 hingga 16 Mei 2024 dan dibagi ke dalam 8 grup yang diisi oleh 4 tim, dengan menggunakan sistem home tournament setengah kompetisi. Juara dan runner up grup berhak lolos ke babak 16 besar.
Babak 16 besar akan berlangsung dari tanggal 19 sampai 24 Mei 2024, masih dengan format kompetisi yang sama (home turnamen setengah kompetisi, dimana juara dan runner up lolos ke babak berikutnya (babak 8 besar)
Baca Juga: Sesuci Air Diambil dari Tujuh Sumber Keramat, Mas Dhito Luncurkan Busana Baru
Kemudian untuk babak 8 besar, format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung tanggal 27 Mei sampai 1 Juni 2024.
Babak semifinal akan berlangsung tanggal 4 Juni 2024 dengan sistem knock out-single match, pemenang pertandingan akan lolos ke final. Laga final akan berlangsung tanggal 7 Juni 2024.
Berikut Hasil Drawing Kompetisi Liga 3 Putaran Nasional 2023/2024:
Grup A:
MBS United Batam
Persikota Tangerang
Persab Brebes
